Jak głosi legenda, nazwa miejscowości wywodzi się od imienia rycerza Goczała, który otrzymał tu ziemię za czyny wojenne i zasługi na polach bitewnych. Zgodnie z ówczesnym zwyczajem jego potomkowie przybrali miano Goczałkowiczów, a miejscowość, w której żyli, nazwali Goczałkowicami.

Trudno jest ustalić dokładną datę założenia Goczałkowic. Najstarsze źródła pisane pochodzą z 1326r. ale wieś ma niewątpliwie starszy rodowód, o czym świadczą prace historyków polskich i niemieckich.  Historia miejscowości sięga czasów piastowskich. Pierwotnie wieś była lokowana na prawie polskim. Po okresie panowania Piastów śląskich osada przeszła pod rządy czeskich Luksemburgów, potem Habsburgów, a od 1740 r. pod panowanie monarchii pruskiej (do 1922). Od zarania wieków Goczałkowice były gminą samodzielną z sołtysem lub wójtem na czele. W okresie rozbiorów w Goczałkowicach był urząd celny i przejście graniczne, ponieważ wzdłuż Wisły przebiegała granica między monarchią austriacka a pruską.

W 1856 r. przy okazji prac wiertniczych odkryto tutaj źródła solanki jodobromowej, która później przyczyniła się do założenia Uzdrowiska. Wkrótce z wielkim rozmachem zbudowano pierwsze obiekty:  łazienki, dom zdrojowy, pijalnię oraz pensjonat. W pijalni, całej z drewna, ozdobionej perłowymi inkrustracjami mieścił się marmurowy basen osadzony na kamiennych postumentach. Z niego efektownymi przewodami przepływała solanka, którą dowolnie czerpać mogli kuracjusze. Pijalnia połączona była z domem zdrojowym krytym deptakiem o długości  88m. Tak, w maju 1862r. rozpoczął się pierwszy sezon kuracyjny. Przyjechało tu wówczas 262 kuracjuszy pragnących leczyć swe reumatyczne dolegliwości. W 1932 r. nastąpiła zmiana w nazwie wsi na Goczałkowice-Zdrój. Samodzielność gminy kontynuowana od wieków średnich przerwana została w 1975 r., kiedy to włączono ją do Pszczyny. Od 1992 r. znów stała się odrębną jednostką administracyjną.